Chimica con il PC: ISIS DRAW 2.5
0 Comments Published Novembre 26th, 2008 in Software Chimica & Utility.Oggi vorrei iniziare a presentarvi qualche utility per applicazioni chimiche con il PC. Iniziamo con un programmino molto semplice ma allo stesso tempo molto potente: ISIS DRAW 2.5. E’ un software commerciale, ma la parte che permettela modellazione molecolare è liberamente utilizzabile ai fini accademici.
Il software ha una interfaccia abbastanza semplice e permette di disegnare molecole anche complesse, tenendo conto dei tipi e delle lunghezze di legame. Una nutrita serie di “templates”, come, ad esempio, moltissimi gruppi funzionali e tutti gli aminoacidi, permette di costruire molecole molto complesse. Possibile anche la modellazione tridimensionale e la scrittura di reazioni.
I file creati sono compatibili con il programma MOLGEN, ed altri formati proprietari. Le molecole disegnate possono anche essere utilizzate con un wordprocessor, attraverso un “taglia e cuci“.
Il software è disponibile sia in formato Windows 9x, 2000, XP sia in formato Macintosh e in alcune lingue (no in italiano).
E’ anche dispobile un tool gratuito Automatic Nomenclature che genera nomi IUPAC di composti direttamente dalla struttura creata con ISIS/Draw o registrata nel database ISIS/Base.
Clicca qui per la pagina di download del software (è richiesta una semplice registrazione)
Nella stessa pagina è possibile scaricare un completo help.
Lenti a contatto anti-germi
1 Comment Published Novembre 21st, 2008 in Attualità, Chimica biologica.Le proteine svolgono un ruolo decisivo sia nella tollerabilità di lenti a contatto che nell’adesione di conchiglie agli scafi delle navi. Essi sviluppano un biofilm durante il loro primo contatto con il materiale estraneo. Questo processo estremamente complesso è estremamente difficile da studiare. Gli scienziati a Bochum, in collaborazione con i colleghi di Francoforte e Marburg, hanno sviluppato un nuovo metodo di indagine che semplifica la decodifica dei meccanismi coinvolti.
Gli scienziati hanno sintetizzato delle molecole che si comportano come una pelliccia, in cui ogni singolo “pelo” è un peptide ossia una piccola proteina. Questi peptidi controllano la biocompatibilità, vale a dire quali proteine adsorbire. Utilizzando un peptide specifico, gli scienziati sono stati anche in grado di creare una superficie che è totalmente resistente all’ancoraggio di proteine, una caratteristica che è altamente auspicabile per particolari scopi (ad esempio, per le lenti a contatto).
Al fine di dimostrare l’estrema flessibilità di questo metodo gli scienziati a Bochum hanno fatto uso di una sequenza di peptidi ottimizzata per respingere le proteine. Il risultato delle analisi del biofilm creato da questi peptidi anti-ancoraggio su una superficie di oro è stata sorprendente. Il tasso di proteine rifiutato dalla prima sequenza di test è stato considerato come il più alto rispetto alla migliore sostanza utilizzata per questo scopo fino ad oggi. La superficie che ne risulta ha completamente resistito all’adsorbimento di proteine. Questa proprietà, ad esempio, è auspicabile per carene di navi per impedire l’adesione di mitili, che a sua volta aumentano la resistenza e quindi il consumo di carburante. Questa funzione è auspicabile anche per le lenti a contatto, perché è concepibile che la pulizia giornaliera sarebbe quindi non più necessaria.
Piccoli peptidi controllano la biocompatibilità, ossia quali proteine adsorbire. (Image courtesy of Ruhr-Universitaet-Bochum)
Per approfondimenti:
Peptide-based SAMs that resist the adsorption of proteins. Journal of the American Chemical Society, S. 14952 Nr. 130, 2008
“Polimero” è un termine generico usato per descrivere una lunga molecola costituita da un’unità strutturale che si ripete collegata da legami chimici covalenti.
Una caratteristica fondamentale che distingue i polimeri dalle altre molecole è la ripetizione di molti identici, simili o complementari subunità molecolari in questi catene. Queste subunità, i monomeri, sono piccole molecole di basso a moderato peso molecolare, e sono collegati gli uni agli altri nel corso di una reazione chimica detta di “polimerizzazione“.
Anche se la maggior parte sono polimeri organici, con monomeri a base di carbonio, ci sono anche polimeri inorganici, per esempio i siliconi, con una spina dorsale di silicio a cui si alternano atomi di ossigeno.
Per approfondimenti:
Il comune farmaco anti herpes “aciclovir” inibisce la replicazione virale dell’HIV, ma…
1 Comment Published Novembre 17th, 2008 in Attualità, Chimica farmaceutica, Medicina.
HIV ed herpes (HSV) sono due delle più comuni malattie sessualmente trasmissibili in tutto il mondo, e frequentemente le persone che contraggono tali virus diventano co-infettati con entrambi. In tali casi, i due virus interagiscono gli uni con gli altri; la presenza del virus HIV si traduce spesso in un più lesioni da focolai erpetici, mentre l’HSV (herper virus) può accelerare la progressione dell’infezione da HIV ad AIDS.
Considerando la loro interazione, i recenti studi che dimostrano che il trattamento con aciclovir potrebbe ridurre la carica virale HIV in pazienti co-infetti non sono stati sorprendenti, e questo viene attribuito ad un effetto indiretto di soppressione HSV. Tuttavia, Moira McMahon e colleghi della Johns Hopkins hanno deciso di esaminare se gli effetti di lotta contro l’HIV potrebbero essere diretti.
Hanno utilizzato un test sensibile all’infezione dei globuli bianchi e hanno rilevato che l’aciclovir può direttamente inibire la replicazione virale. Tuttavia, l’aciclovir, dopo un periodo di trattamento ha avuto alcuni risultati inaspettati già cinque giorni dopo l’infezione iniziale. Un mutante del virus HIV (V75I) è apparso nelle cellule, ed entro 94 giorni si diffuso a tal punto da comprendere oltre il 90% della popolazione virale. Il ceppo V75I è parte del percorso di resistenza a molti farmaci, compresi quelli comunemente utilizzati come inibitori della retrotrascrittasi.
Nonostante i risultati, i ricercatori pensano che questo dell’aciclovir potrebbe diventare un buon modello per la prossima progettazione di trattamenti contro il virus HIV.
Per approfondimenti:
Cronaca24
